Проблема не в "AJAX" как таковом, а в вашей реализации. Например, вы можете решить проблему с закладками, как это делают карты Google: предоставьте сгенерированную ссылку для каждого состояния вашего веб-приложения.
SEO можно исправить, предоставляя сканерам различные из этих ссылок на состояние, либо органически через ссылки на вашем сайте, либо путем предоставления списка (карта сайта).
Если вы реализуете 2, вы можете исправить 1 и 3 с помощью этих ссылок.
В конце концов, вы должны выяснить, стоит ли затраченное усилие, и если вы не злоупотребляете AJAX-курсом, но сделанные вами заявления вовсе не отражены в камне.