Используйте шаблон MVC.Тогда у вас уже есть файлы в папках:
models
views
controllers
внутри этих папок. Я бы порекомендовал не использовать префиксы или суффиксы, поскольку файлы уже находятся в такой папке.Но расширяйте все файлы контроллера и файлы моделей из одного основного класса!
Возможно, вы захотите скачать и изучить пример проекта, созданного в CakePHP фреймворке, который очень хорошо структурирован и также использует CRUD!