Стандартный JAXB не может этого сделать, хотя некоторые реализации могут иметь собственные обходные пути.
Можно попробовать прочитать документ в модели DOM (например, org.w3c.dom.Document), программно установить URI пространства имен DOM, совпадающий с идентификатором в модели класса JAXB, а затем демонтировать DOM в JAXB (используя Unmarshaller.unmarshall(document)
. Производительность этого отстой, но это может не иметь значения для вас.
В качестве помощника посмотрите на этот PDF , описывающий лучшие практики для схем управления версиями (подсказка: изменение URI пространства имен не лучшая практика ...)