С CS5 вы можете сделать половину того, что вы спрашиваете сегодня, используя формат файла XFL вместо FLA. Вместо двоичного двоичного объекта вы получаете редактируемый файл XML и дерево отдельных файлов ресурсов: PNG, файлы AS3 и т. Д. Затем вы можете программно изменять файлы XML или AS3 для получения своих вариантов.
(FLA-файл CS5 на самом деле является просто версией XFL в сжатом виде, но использовать его вместо XFL нет никакого преимущества. В CS4 и более ранних версиях FLA был проприетарным двоичным форматом.)
Недостающим элементом является компилятор XFL. В настоящее время Adobe не предоставляет такой возможности, а сторонний рынок еще не выпустил ее.
Вы можете использовать инструмент системной автоматизации для управления средой Flash Professional на этапах компиляции. Например, в OS X либо Automator, либо AppleScript должны иметь возможность делать то, что вы хотите. Это будет иметь больше накладных расходов, чем компилятор командной строки, на который вы надеялись.