После долгой борьбы я наконец-то понял причину своей проблемы. Я публикую решение, чтобы другим не пришлось бороться за эту работу. После изменения целевой структуры и предварительных условий проверьте наличие зависимостей в проекте установки. Просто выполните следующие шаги, чтобы получить желаемый результат:
- Дважды щелкните по зависимостям проекта установки.
- Нажмите на .Net Framework
- И вы увидите, что окно свойств станет активным.
- Измените свойство Version на желаемую .net Framework (в моем случае 3.5).
- и снова создайте настройки.
Надеюсь, это поможет другим.