Я угадываю , что вы хотите что-то вроде этого:
M1 <- matrix(LETTERS,ncol=1)
## use data.frame rather than matrix to preserve numeric values in column 2
M2 <- data.frame(sample(LETTERS),1:26)
M2[match(M1[,1],M2[,1]),]
или M2[match(M1[,1],M2[,1]),2]
, если вы просто хотите числовые значения.
Это даже проще, если вы сохраните имена как имена строк:
M2 <- data.frame(1:26,row.names=sample(LETTERS))
M2[M1[,1],]