$('#Sample1[name="Sample2"]').attr('checked','checked');
, но элементы могут иметь только один идентификатор, поэтому, возможно, вам нужен класс вместо идентификатора
$('.Sample1[name="Sample2"]').attr('checked','checked');
, тогда ваш HTML
<table>
<tr>
<td>
<input type="radio" name="Sample1" class="Sample" value="1" />
<input type="radio" name="Sample1" class="Sample" value="1" />
</td>
<td>
<input type="radio" name="Sample2" class="Sample1" value="1" />
<input type="radio" name="Sample2" class="Sample2" value="1" />
</td>
</tr>
</table>
РЕДАКТИРОВАТЬ
внесены некоторые изменения: рабочая демоверсия