Если вы хотите быть в безопасности для будущих версий Windows, лучше используйте WMI.
Если вы не думаете о Windows 7, я рекомендую функции WinAPI (на ум приходят OpenSCManager и ChangeServiceConfig ). Я нахожу их более понятными, и есть множество примеров кода того, как их использовать. WMI, с другой стороны, все еще новый, и не так хорошо документирован.
Просто никогда, никогда не редактируйте реестр напрямую. Существуют интерфейсы WinAPI или WMI, чтобы абстрагировать задачу от способа, которым Windows обрабатывает данные внутри. Обход их приносит самый большой риск взлома в будущем.