Задача
Ваше состояние
if (j < column)
оценивается как true
три раза.
1. column = 3, j = 0, total = 3, total becomes 2
2. column = 3, j = 1, total = 2, total becomes 1
3. column = 3, j = 2, total = 1, total becomes 0
в четвертый раз else
предложение выполняется, но к этому времени ваш total
упал до 0.
4. column = 3, j = 3, total = 0, total becomes 1.
Возможное решение
Я не знаюНе знаю ваш вариант использования, но изменение
array[i][j]=total++
на
array[i][j]=++total
может быть все, что нужно.