Нет, lighttpd в настоящее время не поддерживает .htaccess или аналогичную функцию для каждого каталога. Lighttpd2 (который в настоящий момент является пре-альфа), однако, вероятно, предоставит такую возможность.
Если вы хотите установить только настройки PHP для каждого каталога, вы можете посмотреть здесь (или .user.ini, который поддерживается в PHP 5.3.x)