У вас есть несколько возможностей. Во-первых, вы можете войти в систему, как обычно, с простым HTML. Этот логин приведет вас к вашему приложению backbone.js.
Другая возможность заключается в том, что в приложении backbone.js у вас есть форма входа, в которой используется backbone.js ": authentication_token" Когда ваше приложение backbone.js отправит информацию для входа, оно вернет токен. С этого момента вы можете совершать ajax-вызовы и получать ответы с этим токеном.
РЕДАКТИРОВАТЬ: см. Этот пост для примера работы с токеном: http://www.hyperionreactor.net/blog/token-based-authentication-rails-3-and-rails-2