Если имя каталога может быть жестко закодировано, то оно будет
for /f %%a IN ('dir /b /s "Disk:\Your\Directory\Name\*.pdf"') do call convert.exe %%a
Обратите внимание, что при этом также будут возвращены все файлы .pdf в подкаталогах диска: \ Your \ Directory \ Name.