Вы можете изменить свой класс коллекции, чтобы он имел свойство указывать, должен ли он быть выделен или нет, а затем связать это свойство (через конвертер) со свойством элемента, для которого вы хотите изменить цвет.
Вы могли бы ответить на выборку / щелчок и изменить свой параметр ItemSource «selected» на true / false в зависимости от того, какие критерии вы хотите.
Так что-то вроде:
<sdk:DataGrid x:Name="NoteList"
AutoGenerateColumns="False"
GridLinesVisibility="None"
HeadersVisibility="None"
IsReadOnly="True"
ItemsSource="{Binding NoteList,Mode=OneWay}">
<sdk:DataGrid.Columns>
<sdk:DataGridTemplateColumn Width="Auto">
<sdk:DataGridTemplateColumn.CellTemplate>
<DataTemplate>
<TextBox Text="{Binding NoteDescription, Mode=OneWay}"
Background="{Binding NoteHighlighted,
Converter={StaticResource BooleanToColourConverter}}"/>
</DataTemplate>
</sdk:DataGridTemplateColumn.CellTemplate>
</sdk:DataGridTemplateColumn>
</sdk:DataGrid.Columns>
</sdk:DataGrid>