Этот ERD соответствует правилам, которые вы описали:
![ERD](https://i.stack.imgur.com/Ty3Ur.jpg)
Обратите внимание, что в этой схеме каждый пользователь имеет свое индивидуальное представление папок.Файлы, с другой стороны, представлены только один раз, но могут быть назначены одной или нескольким папкам, даже для разных пользователей.
РЕДАКТИРОВАТЬ: (слегка) расширенная модель:
С добавлением единой таблицы для отслеживания физических папок и их содержимого моя предложенная схема также охватывает все дополнительные функции, предложенные Бранко Димитриевичем:
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/j1Kzm.jpg)