Я не очень знаком с Matlab, но, похоже, ваша проблема в том, что вы пытаетесь поместить большой набор двоичных файлов под какой-то контроль версий?
Если эти файлы доступны в Maven Central, вы можете использовать мой ant2ivy скрипт для генерации начального набора ivy.xml и ivysettings.xml .
Одна из замечательных особенностей ivy заключается в том, что он может работать автономно следующим образом:
java -jar ivy.jar -retrieve "lib/[artifact].[ext]" -ivy ivy.xml -settings ivysettings.xml
Это загрузит файлы jar и поместит их в каталог "lib" (или в любой каталог, который использует Matlab).