Как сказал Наврот, для тестирования вы должны использовать ImpermanentGraphDatabase. Это в значительной степени автоматически исправляет все ваши проблемы.
Если вы не тестируете, есть два способа. Обычно у меня есть два метода. Одним из них является метод clearDB, в котором я рекурсивно удаляю путь к БД. Для этого я использую библиотеку FileUtils, и она представляет собой одну строку кода:
FileUtils.deleteRecursively(new File(DB_PATH));
Другой - удалить все узлы в базе данных, КРОМЕ СПРАВОЧНОГО УЗЛА, используя метод removeAllNodes Для этого есть простой запрос, который вы выполняете так:
engine.execute("START n = node(*), ref = node(0) WHERE n<>ref DELETE n");
Важно отметить, что вам нужно вызывать метод clearDB ПРЕЖДЕ чем вы создадите новый объект EmbeddedGraphDatabase. Метод removeAllNodes называется ПОСЛЕ того, как вы создали этот объект.