Да, используя точечную запись в вашем запросе (где searchValue - это значение, которое вы ищете):
MongoServer server = MongoServer.Create(host);
MongoDatabase db = server.GetDatabase(databaseName);
MongoCollection Collection = db.GetCollection("collection");
var query = new QueryDocument("MyArray.0", searchValue);
var testCollection = matchCollection.FindAs<TestClass>(query);