Алекс прав, ваша кнопка отправки отправляет форму.Вы должны использовать событие onSubmit в своей форме, и если проверка не пройдена, она возвращает false, что отменит отправку.Кроме того, не рекомендуется использовать onclick, потому что, если пользователь отправляет форму, нажав Enter, функция будет обойдена.
<form id="submitform" name="form1" method="post" action="stacademic.php" onSubmit="checkSyntax()">