По популярному запросу Переопределить размер буфера консольного цикла добавлен параметр в пользовательский интерфейс 9/14/16:
Исходный ответ для более старых версий:
Отредактируйте файл IDEA_HOME\bin\idea.properties
и увеличьте этот параметр:
#-----------------------------------------------------------------------
# This option controls console cyclic buffer: keeps the console output size not higher than the specified buffer size (Kb). Older lines are deleted.
# In order to disable cycle buffer use idea.cycle.buffer.size=disabled
idea.cycle.buffer.size=1024
, затем перезапустите IntelliJ.