Обычно лучше удалить эти файлы из репозитория и добавить их в свой .gitignore.Затем вы можете заставить приложение корректно обрабатывать недостающие конфиги, генерируя файл по умолчанию.В противном случае вы можете предоставить «пример» файла конфигурации для пользователя, который будет копироваться и редактироваться.