В вашем проекте должен быть раздел зависимостей в NetBeans. Затем вы можете добавить внешние библиотеки в ваш проект, такие как локальные файлы JAR, которые у вас есть. Вероятно, лучшим способом было бы объединить текстовые файлы и каталог Arduino вместе, а затем добавить этот JAR-файл как зависимость времени компиляции (и / или времени выполнения) в ваш проект. Теперь, когда вы компилируете свой проект в NetBeans, он должен включать указанный JAR-файл в classpath и вуаля.
Извините, что не дал вам больше специфических для NetBeans указаний, я использовал IDE только пару раз, но все IDE позволят вам добавлять локальные файлы JAR и сторонние библиотеки в качестве зависимостей к вашему проекту, вы просто нужно найти где в IDE это можно сделать.
Другая идея, которая может сработать, - настроить NetBeans на использование вашей локальной копии Java для компиляции вместо той, которая поставляется в комплекте с IDE, таким образом вам не нужно суетиться с зависимостями проекта. Опять же, я не знаю, где в NetBeans установить это, но начните с общих настроек (или, возможно, настроек для конкретного проекта) и найдите раздел Java / компиляция; надеюсь, есть возможность указать, какой JDK использовать, а затем указать его в локальной копии.