Вам необходимо использовать команду nohup , это предотвратит зависание процесса после завершения сеанса.
nohup java -jar myjar.jar
Просто подумал, что я добавлю это в ответ начто сказал Марвин Пинто.Вы также можете отправить вывод консоли в файл, например, так:
nohup java -jar myjar.jar >> logfile.log 2>&1