Должно работать нормально, как если бы цель тоже была 32-битной. 64-битный процесс будет полностью отделен от 32-битного (естественно), поэтому его разрядность на самом деле не имеет никакого значения.
Проблемы могут начать возникать, если вы попытаетесь установить связь с 64-битным процессом без учета этого.