Я предполагаю, что под "скрытым холстом" вы подразумеваете мой урок. Он по-прежнему будет работать с несколькими объектами и несколькими слоями, вам просто нужно нарисовать их в правильном z-порядке.
Конечно, есть более быстрые (но более сложные) способы.
Если вы не хотите иметь с этим дело, в SVG встроен весь выбор объектов. Попробуйте Рафаэля, как предлагает Златев. Если производительность становится слишком плохой (слишком много объектов), вам придется переключиться на холст, так что это действительно зависит от количества узлов / ссылок в ваших диаграммах.
Вы должны будете сами позаботиться об отправке данных на ваш сервер (любым удобным для вас способом). В SVG / Canvas / Raphael нет ничего, что могло бы сделать это за вас.