Paypal позволяет зарегистрировать URL-адрес уведомления, который является частью системы IPN (мгновенное уведомление об оплате IIRC). Поэтому, если кто-то платит задержанным платежом (например, банковским переводом), транзакция обновится через несколько дней. На вашем сервере должно быть приложение (веб-страница), по которому Paypal может вызывать данные транзакции для обновления платежа.
Вам нужно будет создать начальную запись транзакции в вашей системе, когда PayPal перенаправит вас обратно, поэтому обратитесь к их документации для этого. Я бы также порекомендовал посмотреть на OSCommerce или Zen cart, чтобы понять, как они это делают, поскольку они поддерживают такие же вещи.