Не думаю, что это проблема конфигурации hadoop. Возможно, это было вызвано плагином hadoop eclipse.
Когда вы создаете проект hadoop, который не относится к типу Map / Reduce Project (подключаемый модуль предоставляет тип проекта). Когда вы протестируете код MapReduce в этом проекте с помощью плагина hadoop eclipse, он выдаст исключение EOFException.
Тот же код и та же конфигурация hadoop успешно выполняются в проекте Map / Reduce.