Возможно, вы захотите сделать перенаправление перезаписи URL
RewriteEngine on
RewriteRule ^(.*)$ / newdirectory/$1 [R]
В моем примере я предположил, что new-index.php - это на самом деле вызов index.php, так что это проще и понятнее для меня.
Посмотрите на:
http://httpd.apache.org/docs/2.0/misc/rewriteguide.html