Самое простое - использовать какой-либо разделитель.
"<td><input name='totalDay[]' type='checkbox' value='$boothAlias|$day2'/></td>";
Обратите внимание на "|"delimeter.
Затем в вашем PHP-коде, чтобы получить два значения:
$totalDays = $_POST['totalDay'];
$value = explode("|",$totalDays[0]);
echo $value[0];
echo $value[1];
//this would output
boothAlias_value
day2_value
Не уверен, что это имеет смысл, но идея хранить несколько значений в строке состоит в том, чтобыиспользовать разделитель, а затем преобразовать в массив в PHP.