Надеюсь, я правильно понял ваш вопрос !!!
Использование WCF заключается в том, что вы знаете, что и отправляющая, и получающая стороны используют один и тот же контракт данных.Я думаю, что в вашем случае использование WCF принесет пользу, если оба приложения MS, и контракт не должен меняться очень часто.