Разрешение им вводить CSS в виде текста произвольной формы (или загружать файл) может привести к проблемам с безопасностью. Возможно, было бы безопаснее предоставить им панель управления, которая позволяет им настраивать внешний вид (конечно, с ограничениями, может быть невозможно создать форму, которая позволяет им настраивать ВСЕ), и реализовать настройку через CSS, сохраняя при этом свои настройки в качестве значений в структурированном наборе таблиц базы данных.