Трудно сказать без кода.
IE имеет собственный код для ротации:
filter: progid:DXImageTransform.Microsoft.BasicImage(rotation=1);
rotation=1
Содержимое поворачивается на 90 градусов.
rotation=2
Содержимое поворачивается на 180 градусов.
rotation=3
Содержимое поворачивается на 270 градусов.
Может сработать?