<div id="a">
//your website content
</div>
<div id="b">
//your fixed footer
</div>
- установите высоту b на то, что вам нужно (css)
- установить высоту a для screen.height - b.height (js)
- также установить стиль для переполнения: прокрутка;
Недостатком этого решения является то, что вы не будете использовать полосу прокрутки главного окна, но я думаю, что на iphone их нет, так что ...