Я знаю 1 способ сделать это (например, @ user3093687 опубликовано)
set /p choice=Do you want to continue? (y,n)
if /I %choice%==y goto Label2
if /I %choice%==n goto exit
:Label2
Cls
echo You chose yes
:exit
exit
Параметр / I во второй и третьей строке пакетного файла делает его не чувствительным к регистру, а специальные символы игнорируются (например, Y и y будут оба читаться как y.