Существует два подхода к обрезке файлов MP3:
Сначала конвертируйте в WAV, обрежьте ненужные сэмплы, а затем снова конвертируйте в MP3. Недостатком является то, что в процессе будет очень небольшая потеря качества. Преимущество состоит в том, что вы найдете множество инструментов командной строки для выполнения преобразований за вас, и вам останется просто подрезать файл WAV самостоятельно ( NAudio позволит вам это сделать).
Во-вторых, проанализируйте сами кадры MP3 и выбросьте целые кадры. Это не дает вам такой степени детализации, но при этом не происходит потери качества. Вы также должны уметь понимать формат MP3-кадров CBR и VBR, а также кадров ID3. Существуют различные библиотеки .NET, которые могут их читать, но вам все равно придется самостоятельно писать достаточное количество кода.