У меня есть хороший опыт, чтобы свернуть все, используя py2exe , а затем упаковать все это с Inno Setup . Были хорошие ловушки для работы с собранными вручную библиотеками, matplotlib и файлами данных. В руководстве по py2exe показано, как их собрать.
Это решение для Windows - Inno Setup - только для Windows, поэтому он не будет работать на OSX.