Я думаю, что вы редактируете свое рабочее пространство из своего развертывания. :)
У вас есть 2 места с кодом. Один развернут, а другой в вашем «рабочем пространстве».
Во-первых, мне кажется, что вы хотите, чтобы ваше рабочее пространство было развертыванием. Таким образом, всякий раз, когда вы что-то редактируете, вы будете напрямую изменять развертывание. Для этого просто создайте новый проект в вашей среде IDE и укажите его в папке развертывания.
Могу поспорить, что:
C:\\Users\\James\\Documents\\NetBeansProjects\\MyProject\\MyProject-war\\web\\
указывает на ваше рабочее пространство, а не на развертывание. так эффективно, ваше развертывание редактирует ваше рабочее пространство.