Написание графического интерфейса для BRCAPRO Механизм расчета риска генов рака - PullRequest
Новая
       14

Написание графического интерфейса для BRCAPRO Механизм расчета риска генов рака

3 голосов
/ 15 февраля 2009

Я думаю, что это совершенно уникальный вопрос о переполнении стека. Сначала немного предыстории:

Меня попросили написать новый графический интерфейс поверх вычислительного движка под названием BRCAPRO (brack-a-pro). BRCAPRO реализует менделевскую вычислительную модель, основанную на программном обеспечении под названием BayesMendel. Расчеты BRCAPRO используются врачами и хирургами, специализирующимися на лечении рака, чтобы показать пациентам:

  • Вероятность установления диагноза рака на основе их генетики и семейного анамнеза.
  • Изменение ожидаемой продолжительности жизни в зависимости от различных форм лечения и / или возраста, в котором эти процедуры начинаются.

Я провел достаточно исследований, чтобы понять, что формулы BRCAPRO слишком сложны, чтобы их разумно реализовать в моем собственном коде.

Существует существующий известный (для врачей-онкологов) пакет программного обеспечения под названием CancerGene: http://www8.utsouthwestern.edu/utsw/cda/dept47829/files/65844.html. Эта программа очень старая, работает на Windows 95 и включает в себя механизмы подсчета для нескольких форм рака, которые мой клиент не работает с. В идеале мой клиент хотел бы, чтобы его приложение работало в Интернете, чтобы он мог легко обмениваться информацией с другими врачами.

Моя задача - взять приложение CancerGene, построенное на движке BRCAPRO, и:

  1. Дублирует 90% своей функциональности
  2. Удалить ненужные функции
  3. Изменить вывод отчетов
  4. Если возможно, сделайте это через Интернет

Теперь мой вопрос:

Кто-нибудь знает, как кодировать BRCAPRO? Я гуглил два дня и не нашел никакой документации по API или какой-либо информации о разработке. Википедия говорит, что программное обеспечение для моделирования BayesMendel написано на R, но я понятия не имею, на чем написано BRCAPRO. Я абсолютно ничего не знаю о R.

Чтобы было ясно, мне не нужно изменять поведение или механизм расчета BRCAPRO. Мне просто нужно знать, как передать входные данные, чтобы он возвращал мне цифры.

- Изменить, чтобы добавить больше информации -

Я скачал приложение CancerGene по вышеуказанной ссылке и установил его. Было небольшое количество документации, включая формат данных, который BRCAPRO ожидает получить. Не вдаваясь в ненужный уровень детализации, BRCAPRO ожидает данные в формате матрицы, где каждый столбец представляет генетический признак, а каждая строка представляет члена семьи. Теперь мне просто нужно знать, как передать эту матрицу в движок BRCAPRO, как только я получу ее из формы Web / Windows.

Надеемся, что здесь есть пара докторов / разработчиков на Stack Overflow!

KN

Ответы [ 2 ]

2 голосов
/ 16 февраля 2009

По по этой ссылке :

Модель BRCAPRO теперь включена в пакет R BayesMendel для прогнозирования вероятности несущей [sic].

Похоже, вы используете его из R.

И документация для пакета BayesMendel , по крайней мере, может помочь вам начать работу. Хотя, похоже, вам придется выучить R. :) 1013 *

1 голос
/ 25 февраля 2009

Не думаю, что кто-нибудь сможет разместить код для полного приложения в крошечном окне, но я дам вам несколько соображений, основанных на том, как я могу подойти к этому:

  1. Установка R
  2. Установка BayesMendel пакет - сюда входят BRCAPRO подпрограммы
  3. Установка RPy - мост Python-to-R
  4. Запись RPy на основе Python кода для переноса ваших данных в R, преобразования их в фрейм данных и анализа фрейма данных с BRCAPRO компонент BayesMendel
  5. Соединение аналитического вывода BayesMendel с классом brcaResults, который вы пишете
  6. Оберните методы доступа к вашему brcaResults классу в GUI , используя любую из множества структур Python GUI

Это обзор одного из способов сделать это.

Приятной особенностью этого подхода является то, что его должно быть легко склеивать и постоянно обновлять с помощью новых BRCAPRO функций.

...