По моему мнению, сам Hibernate не оказывает существенного влияния на производительность, будь то составной ключ или нет. важны базы данных, тип движка, количество запросов, количество обновлений в таблице, индексы и типы столбцов. Hibernate будет просто переводить hql в sql, поэтому в этом случае производительность hibernate должна быть хорошей, если базовые запросы работают хорошо ....
вот ссылка, где есть хорошие объяснения этой проблемы в отношении MySQL
Недостаток производительности составного первичного ключа в MySQL