Я вижу похожие проблемы с IIS Express с веб-приложениями. Из того, что я вижу, IIS Express фактически позволяет вам определять папку в поле «URL проекта», но затем при запуске генерирует 2 веб-сайта, один с папкой, а другой для корневого приложения. Проблема в том, что он использует одну и ту же папку для обоих, что вызывает проблемы наследования web.config.
Мое решение состояло в том, чтобы отредактировать файл хостинга и изменить физический путь для корневого виртуального каталога на пустую папку в моей системе
Например:
<site name="MySite1" id="1">
<application path="/" applicationPool="Clr4IntegratedAppPool">
<virtualDirectory path="/" physicalPath="C:\VisualStudioProjects\2010\MySite1\MySite1" />
</application>
<application path="/ssd">
<virtualDirectory path="/" physicalPath="C:\VisualStudioProjects\2010\MySite1\MySite1" />
</application>
<bindings>
<binding protocol="http" bindingInformation="*:59473:localhost" />
<binding protocol="https" bindingInformation="*:44302:localhost" />
</bindings>
</site>
К этому:
<site name="MySite1" id="1">
<application path="/" applicationPool="Clr4IntegratedAppPool">
<virtualDirectory path="/" physicalPath="C:\TEMP\New folder" />
</application>
<application path="/ssd">
<virtualDirectory path="/" physicalPath="C:\VisualStudioProjects\2010\MySite1\MySite1" />
</application>
<bindings>
<binding protocol="http" bindingInformation="*:59473:localhost" />
<binding protocol="https" bindingInformation="*:44302:localhost" />
</bindings>
</site>