Есть ли причина, по которой вы хотите удалить файл catalina.out? Кажется, что это может привести к потенциально пропущенным важным сообщениям о событиях. Возможно, рассмотрим просто настройку
org.apache.catalina.level=INFO
В противном случае я не могу придумать причину, по которой это может негативно повлиять на функциональность контейнера, если вы удалите его. При установке * nix он все еще записывает в дескриптор файла файл, отсоединенный от inode (так что в противном случае он недоступен), и в Windows он не позволяет удалить его, поскольку контейнер будет иметь блокировку файла.
logging docs - быстрый rtfm и похоже, что вы просто должны иметь возможность удалить обработчики из logging.properties, чтобы прекратить производство этого файла