У меня действительно не было проблем с этим поведением из git4idea.
Хотя теоретически сила индекса полезна, на практике я редко хочу регистрировать только подмножество своих изменений. Когда мне нужно, я могу сделать это в intellij, сняв флажки с файлами, которые я не хочу фиксировать, и git4idea управляет этим прозрачно.
это сказало - я выполняю много операций git в командной строке независимо от того, и просто полагаюсь на Intellij, чтобы предоставить мне информацию о том, что я изменил в файле, пока я с ним работаю.
Ваш вопрос как бы открытый. В частности, с какими «причудами» у вас проблемы?