Вы будете запускать MongoDB на своей машине разработки отдельно от Eclipse.
Вам понадобится только Eclipse для разработки вашего приложения для Android и (я думаю) этих сервлетов.сервлеты будут общаться с MongoDB.Для этого вам нужно только Java-драйвер MongoDB (доступен на их сайте).