Я думаю, что вы пытаетесь решить проблему изоморфизма подграфа , которая, как известно, является NP-полной.Это означает, что, скорее всего, нет быстрого алгоритма, который бы делал то, что вам нужно.Ваше требование сходства (и не только изоморфизма) только добавляет еще одну сложность.На странице Википедии рассказывается об алгоритме Ульмана, который решает эту проблему за полиномиальное время (быстро) для определенных классов графов, вы можете попробовать.