«Я предполагаю, что это структура много <-> много, с тремя таблицами. У кого-нибудь есть идеи?»
Более того, серьезных альтернатив нет, не так ли? Две реляционные таблицы в отношении «многие ко многим» требуют, чтобы по крайней мере таблица ассоциации содержала все комбинации внешних ключей.
ТАК это делает? Кто знает. Их модель данных включает в себя подсчет ссылок, и, насколько известно, отметки даты и времени, оригинального создателя и множество других нежелательных сообщений о теге.
Минимально должно быть три таблицы.
Трудно понять, что они делают на SO.