Гильерме,
Я НЕ уверен, что между ними есть существенные преимущества в производительности. Одна приятная вещь в SQL Server 2008 R2 - вы можете иметь 10 ГБ для базы данных вместо 4 ГБ в SQL Server 2008.
Обратите внимание, что SQL Engine одинаков во всех выпусках, но SQL Express поставляется с ограничениями на процессор и память. Вы можете использовать только 1 ядро [оно использует многоядерные, но только по одному за раз] и может использовать только 1 ГБ для кэширования данных. В общей сложности вы можете использовать от 1,3 до 1,5 ГБ памяти, но учтите, что страницы данных будут использовать только 1 ГБ.
С учетом этих ограничений, я не думаю, что вы получите хорошее преимущество в производительности между этими двумя версиями.