В первом случае файл находится в каталоге по умолчанию компилятора / IDE. Как указывает @Casey, если вы добавляете каталоги в путь IDE, они также будут искать при поиске включаемых файлов в этом формате.
Во втором случае файл находится в том же каталоге, что и ваши исходные файлы.
Чтобы добавить каталог в путь IDE, выберите Инструменты> Параметры ...> Проекты и решения> Каталоги VC ++ , а затем добавьте новый каталог в список на этой странице. Если предположить, что cuda просматривает эти каталоги, конечно.