То, что вы делаете, должно работать нормально, как уже показали ваши тесты. Однако, когда я исследовал это несколько месяцев назад, я помню, как читал, по крайней мере, одну статью, в которой указывалось, что обычно предпочтительнее использовать интегрированный, а не классический конвейер, если только у вас нет веских причин не делать этого. Сейчас я не могу найти эту статью, но следующая статья: Новая статья IIS7: использование преимущества интегрированного конвейера IIS7 объясняет некоторые преимущества.
Таким образом, хотя классический режим подходит для вашей ситуации, вам, безусловно, не нужно использовать классический конвейер для запуска приложений .net 2.0, если только вы не используете пользовательские расширения или фильтры ISAPI. Предполагая, что у вас нет ничего из этого (пользовательский материал ISAPI), если бы это был я, я бы перешел к интегрированному конвейеру, просто потому, что это было одним из главных улучшений IIS7, и, похоже, ничего не получится, если придерживаться с моделью II6.
ПРИМЕЧАНИЕ. В настоящее время я работаю с приложениями .Net 3.5, использующими интегрированный конвейер, без проблем. Что касается IIS7, приложения .Net 2.0, 3.0 и 3.5 одинаковы, поскольку все они используют CLR v2.0. Поэтому я не могу представить, почему у вас возникнут проблемы с использованием интегрированного конвейера с CLR v4.0.