Я также застрял в аналогичной проблеме, в результате чего был создан новый элемент сценария, потому что, даже если был выполнен код javascript, он не был выполнен после добавления в тело, он действует как строка.
$('script:last').html('alert("ok !")'); // won't work
пример кода для моего случая:
var render = Mustache.to_html(template, data_sources);
var sc = document.createElement('script');
sc.innerHTML = render;
var p_div = document.getElementById('template_wrap_div').parentNode;
p_div.innerHTML = "";
p_div.appendChild(sc);
Надеюсь, что это дает некоторую идею и помощь.