Я думаю, что PHPUnit использует XDebug, который предоставляет буквально данные покрытия для фактически выполненных файлов.Он не может предоставить данные для файлов, которые никогда не выполнялись, потому что отладчик их никогда не видит.Вы можете вручную исправить механизм PHPUnit, чтобы добавить список всех файлов, которые, по вашему мнению, находятся в вашем приложении, к результату, возвращаемому из XDebug.
Наш инструмент тестирования PHP работает по-другому.Вы даете ему список всех файлов, которые вы считаете частью вашего приложения;это поможет вам создать этот список.(Это тот же список, который вы должны были бы включить в первое решение). Он обрабатывает все упомянутые файлы и собирает данные о тестовом покрытии.Данные покрытия, которые вы получаете сейчас, включают в себя все правильно.Это должно нормально работать с PHPUnit.
Вы можете пойти дальше.Вы можете создать тестовое покрытие для каждого из ваших «отдельных» приложений и запускать их отдельно.Затем вы можете объединить данные покрытия для всех них, чтобы просмотреть покрытие для всего набора.