«Встроенная система» может означать несколько вещей, но в целом SQLite значительно легче, чем любая база данных XML. Если мы говорим о встроенной, а не переносимой (например, 64 МБ или менее доступной оперативной памяти), я бы также избегал всего, что требует среды Java, поскольку JIT и сборка мусора являются дорогостоящими в отношении памяти и обработки.
Седна относительно сложна в установке и может не комфортно жить во встроенной среде.
Помимо SQLite, который очень хорошо подходит для встроенного пространства, BerkeleyDB XML может быть альтернативой, если вы действительно хотите что-то на основе XML.